日本出口設備到越南清關到門的流程涉及多個環節和多個參與方，確保信息的及時溝通、文件的準確無誤以及各方的密切配合是至關重要的。以下是一般性的流程和注意事項概述：

一、出口前準備

了解越南的海關規定和進口要求：確保機械設備符合越南的相關標準和規定，以避免不必要的麻煩和延誤。

準備出口文件：準備準確的貨物清單、價值、數量等信息，并辦理相應的出口手續。這些文件包括合同、發票、裝箱單等，用于海關審核和清關。

選擇合適的運輸方式和物流公司：根據設備的性質、尺寸和交貨期限，選擇海運、空運或陸運等合適的運輸方式。同時，選擇經驗豐富、可靠的物流公司或貨代進行合作，確保貨物安全、準時地到達越南。

二、出口報關

提交報關資料：按照越南海關的要求，提交完整的報關資料，包括出口報關單、合同、發票、裝箱單等。

辦理出口手續：配合海關進行貨物的查驗、核算等工作，確保貨物符合出口條件。

三、運輸與抵達越南

安排運輸：與物流公司協調，安排貨物的裝運和運輸。確保貨物在運輸過程中得到妥善保護，避免損壞或丟失。

貨物抵達越南：貨物到達越南后，物流公司或貨代將協助處理進口清關手續。

四、越南進口清關

提交進口清關文件：向越南海關提交必要的進口清關文件，如進口許可證（如適用）、產地證明、質量檢驗報告等。

繳納關稅和稅費：根據越南的稅收政策，支付相應的關稅、增值稅和其他稅費。

海關查驗與放行：經過海關的查驗和審核，如貨物符合規定，將獲得放行許可。

五、貨物送達目的地

安排貨物提取與送達：在貨物獲得放行后，安排貨物的提取并送達至終目的地，完成門到門的交付。

需要注意的是，具體的清關流程和所需資料可能因貨物的性質、數量、價值以及越南和日本的海關政策變動而有所不同。因此，建議在進行出口前詳細了解越南和日本的相關法規和規定，或咨詢的清關代理機構，以確保清關過程的順利進行。

在整個流程中，保持與海關、物流公司、收貨人等各方的密切溝通，及時處理可能出現的問題和延誤，是非常重要的。同時，確保貨物的包裝和固定符合運輸要求，以避免在運輸過程中發生損壞。